Мікросателітна нестабільність була відкрита у 70-80-х роках минулого сторіччя. Першим захворюванням, з доведеними етіологічним чинником MSI стала пігментна ксеродерма — рідкісна спадкова патологія, яка супроводжується підвищенням чутливості шкіри до ультрафіолетового випромінювання та схильністю до розвитку злоякісних пухлин. У 1993 році в наукових журналах з’явилися роботи, в яких дослідники повідомляли, що мікросателітна нестабільність часто зустрічається при злоякісних пухлинах товстої та прямої кишки. З того часу було проведено багато досліджень, присвячених цій темі. На цей момент відомо, що порушення системи репарації ДНК зустрічається за колоректальної карциноми у 15-20% випадків. Зараз мікросателітна нестабільність офіційно визнана як молекулярний маркер синдрому Лінча (спадкова неполіпозна колоректальна карцинома) – генетичне захворювання, при якому підвищується ризик розвитку раку товстої кишки у віці до 50 років, а також раку яєчників, тонкої кишки, шлунку, шкіри, мозку, сечовивідних шляхів. Пухлини, які виникають в результаті мікросателітної нестабільності є гіпермутованими, вони різняться високим мутаційним навантаженням, але разом з тим вони також накопичують велику кількість неоантигенів, які є мішенями для імунної відповіді. Такі пухлини за гістологічного дослідження характеризуються інтенсивною лімфоцитарною інфільтрацією, що свідчить про інтенсивну запальну реакцію. Оцінка ступеня імуногенності цих пухлин залишається дискусійним питанням, що потребує додаткових досліджень. На зараз описано, що імуногенність пухлин із мікросателітною нестабільністю у 20-50 разів більша ніж у мікросателіт-стабільних. Це свідчить про те, що пухлини із мікросателітною нестабільністю будуть особливо сприйнятливі до імунотерапії.