Існує кілька форматів, що використовуються для ІФА. Вони поділяються на прямі, непрямі та багатошарові методи захоплення і детекції. Ключовим етапом є іммобілізація антигена, яка здійснюється або шляхом прямої адсорбції на планшеті, або опосередковано, через антитіло захоплення, прикріплене до планшета. Потім антиген виявляється або безпосередньо (мічене первинне антитіло), або побічно (наприклад, мічене вторинне антитіло). Найбільш широко використовуваний ІФА метод – багатошаровий ІФА аналіз, який непрямо іммобілізує і непрямо визначає присутність цільового антигену. Цей тип аналізу називається ще «сендвіч»-аналізом, оскільки вимірюваний аналіт зв’язується між двома первинними антитілами, кожне з яких визначає свій епітоп антигену – антитілом захоплення і антитілом детекції. Сендвіч-метод ІФА широко використовується завдяки своїй чутливості та специфічності.

Діаграма поширених методів ІФА. У цьому аналізі антиген, іммобілізується шляхом прямої адсорбції на пластині або шляхом попереднього прикріплення антитіла захоплення до поверхні пластини. Потім антиген може бути виявлений за допомогою кон’югованого з ферментом первинного антитіла (пряме визначення) або набору немічених первинних і кон’югованих вторинних антитіл (непряме визначення).