Виявлення нових індійських мутацій SARS-CoV-2 “Delta” і “Delta Plus” в Україні: огляд рішень

У статті говоримо про особливості поширених мутацій вірусу, включаючи нових індійських варіантів, а також ефективні рішення для їхньої діагностики.

На сьогодні, на превеликий жаль, SARS-CoV-2 не переможений і продовжує свою руйнівну ходу планетою. Відповідно до своєї природи (РНК-вірус) і біологічних законів (мутаційна мінливість), цей вірус від початку пандемії змінився і набув нових властивостей, що впливають на його інфекційність (реальність), імуногенність (ймовірність), а головне – на клінічний прояв і перебіг захворювання.

Останній спалах захворюваності на CoViD-19 в Україні, що спостерігався в березні-квітні цього року, був викликаний новим мутантним варіантом (штамом) SARS-CoV-2, вперше виявленим у Великобританії у вересні 2020 року і згодом названий варіантом UK_B.1.1.7 або “Alfa”. Цей новий варіант SARS-CoV-2 містив такі основні клінічно значущі мутації:

Варто зазначити, що конкретна мутація – це одинична зміна в геномі вірусу, яка в силу біології вірусу буде відбуватися завжди з відносно постійною швидкістю (як раніше зазначалося – близько 10−3 замін на нуклеотид в рік). Але мутантний вірусний штам – це новий варіант вірусу з певною комбінацією мутацій, яка і забезпечує (комбінація) вірусу набуття нових властивостей і здібностей.

Майже одночасно в світі також були виявлені ще кілька варіантів SARS-CoV-2. Найбільш небезпечними з них є штами з Південної Африки SA_B.1.351 або “Beta” (жовтень 2020) і Бразилії / Японії Brazil_P.1 або “Gamma” (січень 2021):

За результатами використання нової тест-системи Novaplex ™ SARS-CoV-2 Variants I Assay (виробництва компанії Seegeene) в різних регіонах країни з’ясувалося, що домінуючим штамом SARS-CoV-2 на кінець березня 2021 року у 70-80%, а на середину квітня вже в 95-99% випадках – був варіант UK_B.1.1.7. Варіанти SA_B.1.351 і Brazil_P.1 за цей період в країні, на щастя виявлені не були.

Novaplex ™ SARS-CoV-2 Variants I Assay

Несвоєчасна і обмежена діагностика на нові варіанти SARS-CoV-2, на жаль, призвела до різкого зростання захворюваності на CoViD-19 і як наслідок – до нових вимушених карантинних обмежень. Опосередковано негативному розвитку подій також сприяли:

• загальне розхолоджування населення і недотримання протиепідемічних заходів;
• використання неякісних діагностикумів невідомого походження;
• шахрайство з фіктивними результатами ПЛР-тестування.

Але головний внесок в розвиток нової хвилі цієї весни, вочевидь, внесла вкрай низька увага до вірусоносійства. Міфи про «вірусні уламки» і «глибинну міграцію» SARS-CoV-2 в комерційному сегменті діагностичних послуг привели до свідомого заниження порога чутливості видаваних результатів ПЛР-тестування, і як наслідок – поширення коронавірусу у населення через вірусоносійство. Якщо не змінити ситуацію, то ймовірність повторення весняного сценарію з новими індійськими варіантами B.1.617.2 ( “Delta”) і AY.1 & 2 ( “Delta plus”) дуже висока.

Як вже раніше зазначалося, на сьогодні, основним методом генотипування епідемічно важливих інфекційних агентів, виявлення їхніх нових варіантів і централізованого вивчення їхньої мутаційної мінливості, як і раніше є повногеномне секвенування (NGS) – Ion GeneStudio ™ S5 System.

Але існують обмеження широкому впровадженню цього методу – його висока наукоємність і отже, підвищені вимоги до кваліфікації фахівців, досить тривалий час аналізу, а значить і недостатня для масового скринінгу пропускна здатність і відносна реагентна дорожнеча експлуатації. Зараз в Україні необхідними ресурсними і кадровими можливостями для виконання вищевказаних завдань серед профільних організацій має поки що тільки Інститут молекулярної біології і генетики НАНУ. Втім, є передумови, що незабаром ситуація в країні в цьому плані змінитися на краще.

Ну, а поки – для всіх інших лабораторій, що мають в своєму методологічному арсеналі метод ПЛР в реальному часі, як завжди, компанія Seegene розробила готове валідоване рішення для діагностики актуальних на осінь 2021 варіантів SARS-CoV-2 B.1.617.2 ( “Delta “) і AY.1 & 2 (” Delta plus “).

Використання мультиплексної тест-системи Allplex ™ SARS-CoV-2 Variants II Assay в комбінації з моноплексом Allplex ™ SARS-CoV-2 P681R Assay дозволить будь-якій ПЛР-лабораторії ефективно на початковому етапі захворювання або носійства відокремлювати інфікованих коронавірусів SARS-CoV-2 осіб з позначеними мутаціями.

А комплексно з мультиплексной тест-системою Allplex ™ SARS-CoV-2 Variants I Assay за короткий проміжок часу з великою пропускною здатністю можна успішно провести скринінг на 12 значущих на сьогоднішній день мутантних варіантів SARS-CoV-2.

В подальшому отримані результати і виявлений матеріал можуть бути передані уповноваженими лабораторіями для глибших досліджень за допомогою секвенування NGS.